Конечно, нет никакой гарантии, что все нужные гены обнаружатся у других видов.

Было бы потрясающей удачей, если бы удалось найти весь набор.

Но вполне вероятно, что многие гены, кодирующие белки электронтранспортной цепи, вообще не попадали в ядро ни у каких видов или что какой-либо белок так изменился в ходе эволюции своей ветви эволюционного древа, что он будет нефункционален у человека.

Ну, тогда придется опять поломать голову о том, как сделать, чтобы белки, кодируемые имеющимися в нашем распоряжении генами, смогли попадать в митохондрии.

Но и в этом случае есть шансы воспользоваться "достижениями" других видов. Яркий пример - сообщение 2002 г. об открытии, сделанном группой исследователей из Университета Западной Австралии. Они обнаружили, что некоторые виды бобовых, включая сою и маш (Vigna radiatа) являют собой промежуточную эволюционную стадию в том смысле, что у них имеется ядерная копия митохондриального гена, кодирующего вторую субъединицу одного из компонентов электронтранспортной цепи (а именно, цитохром-с-оксидазы), но в то же время не исчезает и исходный митохондриальный ген.

Тот факт, что эти организмы выжили, хотя у них экспрессируются одновременно обе копии одного гена, сам по себе можно считать хорошей новостью, так как он снимает (в некоторой степени) высказывавшиеся опасения относительно использования аллотопической экспрессии для нивелирования эффекта мутаций: что в клетках с нормальной митохондриальной ДНК и аллотопическими вариантами белков цепи переноса электронов существование двух независимых функциональных копий одного и того же гена может привести к перепроизводству соответствующего белка и это как-то нарушит равновесие или перегрузит митохондрии, в которых для нормального функционирования электронтранспортной цепи различные ее компоненты должны находиться в определенных соотношениях. (Ситуацию можно сравнить с удвоенной независимой поставкой на фабрику комплектующих для сборки одного и того же продукта, что является серьезным сбоем в любой системе снабжения.) Раз такой проблемы у бобовых нет, значит, нечего и беспокоиться на сей счет, что и хорошо.

А когда другие исследователи сравнили два варианта этих "бобовых" генов, то вскрылось обстоятельство, еще более повысившее в моих глазах шансы на успех затеи перенести полный набор генов митохондриальной цепи переноса электронов в ядро. Как оказалось, два варианта белка различаются по 25 аминокислотам (белковые молекулы построены из молекул аминокислот) из нескольких сотен - но только два из этих различий необходимы "ядерному" варианту для переноса в митохондрии! Отсюда следовало, что у человека нужно лишь относительно немного изменить интересующие нас тринадцать белков для того, чтобы они транспортировались в митохондрии.

Налицо реальный прогресс в применении "природных" решений к проблеме старения. Примерно одновременно с работой Шона и его коллег, которые добивались экспрессии АТР6 в человеческих клетках, аллотопически используя водорослевый вариант гена, эти и другие исследователи сообщили также о разработке иного подхода к созданию новых кодируемых ядерной ДНК вариантов того же белка. Разница тут была в том, что они не брали новые белки целиком у другого вида, а модифицировали исходно имевшиеся у млекопитающих. И здесь был достигнут успех: варианты гена человеческого происхождения помогали выжить клеткам с митохондриями, несущими неактивные копии АТР6.

Вскоре после этого третья исследовательская группа получила кодируемый ядерной ДНК вариант другого митохондриального гена, обозначаемого ND4, мутации в котором обусловливали митохондриопатию, называемую наследственной невропатией зрительного нерва (болезнью Лебера). Эти ученые начали с того, что постарались справиться с трудностями, выявившимися при попытках аллотопической экспрессии АТР6. Прежде всего нуклеотидную последовательность ND4 нужно было несколько изменить, чтобы она "читалась" в ядре, поскольку имелось несоответствие кодов, о котором говорилось выше.

Затем к этому гену присоединили направляющую последовательность, скопированную с совершенно другого гена (а именно, кодирующего фермент алкогольдегидрогеназу), чтобы обеспечить перенос в митохондрии. Кроме того, нужно было как-то ввести ген в ядро; для этого был взят за образец вирусный механизм (вирусы умеют внедрять свой генетический материал в ядерную ДНК заражаемой клетки). Наконец, ген снабдили дополнительной последовательностью, которая позволяла ему транслироваться ядерными механизмами для последующего синтеза белка.

На этом сложном подготовительном пути, включающем так много изменений исходного гена, можно было бы ожидать неизбежные сбои. Но нет! Не просто копия гена другого организма, а основательно модифицированный ген, целенаправленно сконструированный из первоначального гена, исходя из требований его функциональности, был успешно введен в человеческие клетки с мутантным ND4 и в них стал синтезироваться функциональный, способный проникать в митохондрии белок ND4.

Образовавшийся в результате аллотопической экспрессии белок переносился в митохондрии, занимал свое место в цепи переноса электронов и... в клетке втрое увеличивалось производство АТР, приближаясь к уровню, характерному для нормальных, немутантных клеток. Более того, в условиях, заставляющих клетку производить энергию путем окислительного фосфорилирования, выживаемость клеток с укомплектованной "ядерным" белком цепью переноса электронов втрое превышала таковую мутантных клеток без этого белка.

Авторы этой работы сделали дерзкий вывод: восстановление клеточного дыхания путем аллотопической экспрессии открывает возможность генной терапии врожденной невропатии зрительного нерва. Их успех также дает хороший толчок в поисках решения проблемы восстановительной "горячей точки". Правда, высказывались сомнения относительно методов, использованных для демонстрации выживаемости клеток с введенным геном в двух из вышеописанных работ, но к двум остальным нет никаких претензий.
Интеины: компромисс
Два описанных выше подхода достаточны, чтобы справиться с проблемой гидрофобности; но, возможно, с некоторыми из очень гидрофобных белков придется пойти дальше. Одно из потенциальных решений здесь состоит в дальнейшей модификации белков при помощи интеинов.

Интеины - это последовательности, временно встраивающиеся в некоторые вновь синтезированные белки, чтобы помочь им достичь своей конечной зрелой формы (после чего они отщепляются). В некоторых случаях половины конечного функционального белка синтезируются по отдельности, и каждая половина содержит "полуинтеин" на том конце, который должен соединиться с соответствующим концом другой половины. Когда две половины конечного белка встречаются, два полуинтеина сначала связываются (наподобие электротехнических разъемов типа "мама-папа" на гирлянде лампочек для новогодней елки). Затем объединенная интеиновая последовательность отцепляется, и два предшественника конечного белка образуют одно целое - полный белок с окончательной структурой.

Такие интеины можно было бы попытаться использовать применительно к гидрофобным белкам. Один путь здесь - расщепить нужный белок вблизи того места, где он должен изогнуться в водной среде, и на каждый из образовавшихся концов надеть "шапочку" - присоединить полуинтеин. Для сравнения представьте себе, что вам нужно пропихнуть согнутую под прямым углом стальную балку (белок) чрез прямую водосточную трубу (комплекс TIM/TOM). Это, ясное дело, невозможно. Но можно разрезать балку поблизости от изгиба и на концы получившихся кусков сделать короткие насадки, чтобы тот, кто ждет ваш груз на другом конце трубы, понял, как их воссоединить. Полученные части по отдельности легко пройдут через трубу и там из них соберут исходную форму.

Или же цельный интеин встраивается в середину белковой молекулы, так что получается единая длинная структура с интеином посреди. Ну, тут поясняющее сравнение придумать потруднее. Представьте себе, что согнутую под прямым углом балку не разрезают у изгиба, чтобы засунуть в трубу по частям, а разрезав, выворачивают и вставляют в разрез соединительный сегмент, так что получается что-то вроде зигзага молнии. Такая как бы выпрямленная структура (полный белок с интеином) пролезет в трубу (комплекс TIM/TOM), на другом конце которой вставленный сегмент (интеин) вырезается и куски воссоединяются прежним образом.

Такая процедура гораздо сложнее, чем замена пары аминокислот, и только если сработает какой-либо из вышеописанных подходов. Впервые выступив с идеей использования интеинов для решения проблемы гидрофобности, предвидели целый ряд потенциально вредных технических препятствий, которые придется преодолеть, чтобы идея осуществилась. Интеины следует вводить в определенное место белковой молекулы, и они должны быть подходящей длины; и то, и другое требуется выяснить и подобрать. Кроме того, природные интеины "задуманы" так, что они отцепляются, как только заканчивается сборка содержащего их белка, а для наших целей нужно, чтобы этого не происходило до тех пор, пока полный белок не попадет в митохондрии.

Другая проблема возникает при использовании полуинтеинов. Нужно, чтобы после их отщепления полный белок воссоединился правильно, т.е. чтобы каждая половина белка нашла свою вторую половину. А если одновременно несколько белков переносятся в митохондрии с помощью полуинтеинов или если белок разделяется более, чем на две части (что в некоторых случаях представляется необходимым), то после отщепления интеинов при соединении освободившихся от них концов может случиться путаница. К счастью, похоже, что в природе реализуется "множественная интеинизация" и части белков собираются, как надо, так что, может быть, и проблемы-то нет. И в любом случае проблемы путаницы не будет при втором варианте использования интеинов.

И еще один повод для беспокойства: части белковой молекулы могут начать сворачиваться слишком рано, не успев воссоединиться со своими половинами и приняв такую форму, что место воссоединения стало недоступным и образование полного белка невозможно. Или сворачивание может произойти уже в механизме TIM/TOM, что приведет к такому же результату, какой был бы вообще без интеинов. Наконец, еще не воссоединившиеся, но уже освободившиеся от интеинов части белковой молекулы могут быть повреждены ферментами, став нефункциональными или неспособными принять нужную форму.

По меньшей мере, один случай успешного использования интеинов в культуре клеток есть. Иосио Умезава с сотрудниками ввели в митохондрии не проникающий в них (в норме) белок, обусловливающий зеленую флуоресценцию. Сначала к гену этого белка присоединили последовательность, кодирующую направляющий в митохондрии пептид. Затем с помощью системы сплайсинга из водорослей включили в него интеиновые последовательности, после чего ввели составной ген в клеточную ДНК. В результате синтезировался соответствующий белок и переносился в митохондрии, где благодаря его присутствию можно было выявить присутствие других направленных в митохондрии белков.
Альтернатива есть всегда
Эта вереница успехов свидетельствует, что можно ожидать быстрого прогресса на пути достижения экспрессии ядерных копий остальных митохондриальных генов при помощи обсуждавшихся выше методов в том или ином их сочетании. Придумав, как поместить все тринадцать генов митохондриальных белков в "бомбоубежище" (ядро клетки), мы вплотную приблизимся к возможности нивелировать вредные "старящие" эффекты мутаций митохондриальной ДНК, ликвидировав восстановительные "горячие точки" и предотвратив образование новых. Когда это будет осуществлено, мы сможем не только остановить, но и повернуть вспять расползание оксидативного стресса по организму, раскручивание спирали молекулярных повреждений и метаболических нарушений, движимую мутациями митохондриальной ДНК.

Но, конечно, нас ждут еще какие-то "волчьи ямы", что не редкость в медицинских разработках. Бывает, что делаются самые продуманные предсказания на основе имеющихся знаний, но не удается предвидеть непреодолимые "засады". Больше всего меня беспокоит, что при всех ухищрениях объем работы системы TIM/TOM при переносе белков, образовавшихся путем аллотопической экспрессии, превысит ее емкость, транспортный поток окажется слишком слабым и не выйдет перенести полный набор белков, даже если с каждым по отдельности все пройдет успешно. Некоторые из белков, образовавшихся путем аллотопической экспрессии, слабо проходили через систему TIM/TOM. В одном из описанных выше примеров включение нужного белка в митохондрии составляло всего лишь 40% от нормального содержания в них белка, кодируемого собственной, митохондриальной ДНК.

Мы можем спокойно сократить "тысячи" до "несколько" или еще меньше, но реально. Вообще-то, делались ставки на различные решения проблемы лечения митохондриопатий, и на первый взгляд эти решения можно также приложить к проблеме накопления делеций в митохондриальной ДНК. К сожалению что большинство этих решений будут бесполезны для предотвращения развития восстановительных "горячих точек"", потому что механизм накопления обусловливающих их мутаций (образование в митохондриях свободных радикалов и клональная экспансия по типу "выживание худших") совершенно иной, нежели большинства наследственных нарушений у больных с митохондриопатиями. Исследования, направленные на поиски способов лечения митохондриопатий, без сомнения, породят методы и принесут знания, которые в чем-то помогут разработать лечебные мероприятия (посредством аллотопической экспрессии или как-то иначе.
Путь вперед
В целом, картина получается в розовых тонах. У нас есть не только неплохое объяснение участия мутаций ДНК в связанном с возрастом одряхлении организма, но и ясное представление о пути ликвидации этого участия, даже если наше понимание точного механизма связи между мутациями и патологией окажется неверным. Аллотопическая экспрессия позволит митохондриям нормально функционировать даже с мутациями в ДНК; протофекция позволит периодически заменять мутантную ДНК новой, функциональной; использование заимствованных электронпереносящих ферментов без функции протонного насоса позволит избежать вреда от избытка электронов, распространяющегося от клеток с мутантными митохондриями к здоровым.

Разумеется, для реального медико-биологического применения у взрослых людей требуется разработать безопасные, эффективные и надежные методики генной терапии. Задача, конечно, непростая, но выполнимая; во всем мире ученые уже энергично действуют в этом направлении с целью лечить наследственные расстройства - болезнь Хантингтона, врожденно повышенный риск рака, семейную болезнь Альцгеймера, серповидно-клеточную анемию. Нашей задаче борьбы со старением еще ближе исследования, связанные с поиском лечения митохондриопатий; этому небольшому полю деятельности сейчас уделяется больше внимания и денег, чем собственно геронтологическим исследованиям, ставящим своей целью борьбу с медленной глобальной "чумой" - старением.

С учетом ресурсов, брошенных на продвижение генно-терапевтических разработок, можно с уверенностью предсказать, что клинический уровень этих разработок не за горами. Основным препятствием быстрому введению аллотопической экспрессии или альтернативных методов в практику будет не человеческий фактор, т.е. способность ученых разработать безопасные методики генной терапии и довести их доклинического уровня, а недостаточность финансирования фундаментальных научных исследований в области изучения возможностей переноса митохондриальных генов в клеточное ядро.

Помните положительные результаты использования интеинов для переноса белков в митохондрии в культуре клеток? Этот успех пришел потому, что велись поиски быстрой отдачи от результатов совершенно других исследований. Так каких же замечательных и быстрых достижений можно добиться, если средства будут вкладываться специально в разработку аллотопической экспрессии для борьбы с ущербом от старения?!

medbe.ru