Трансплантационные антигены едины для всех органов и тканей хозяина. Иными словами, эти антигены не обладают органной специфичностью. Однако гомологичные антигены представителей одного и того же вида могут иметь различную конфигурацию молекулы и другие признаки, определяющие их антигенное и иммуногенное различие. Химическая при-рода этих антигенов неизвестна. Medawar полагает, что антигены при гомотрансплантационной болезни могут быть углеводами, т. е. муко- или аминополисахаридами, связанными с липидной фракцией. Можно предположить также, что антиген, ответственный за чувствительность к гомотрапсплантату, находится в ядре клетки и, очевидно, является дезоксири-бонуклеопротеидом. Любое воздействие на клетку (замораживание или прогревание), влияющее на ее жизнеспособность, снижает ее антигенность при гомотрансплантации.
Эритроциты не содержат трансплантационного антигена. Обнаружено, что в пределах так называемых изогенных линий мышей гомотрапсплантация возможна вследствие отсутствия антигенного различия тканей животных, которые при этом не воспринимают ткани, взятые у мышей других линий. Чем больше генетическое различие между донором и реципиентом, тем активнее будет отторгаться гомотраненлантат.