Пересажепная ткань прорастает сосудами, воспаляется и инфильтрируется фагоцитами и лимфоидными клетками, сосуды тромбируются и ткань вскоре подвергается некрозу и отторгается. Таким образом, у хозяина вырабатывается специфический иммунитет к любой ткани донора, от которого был взят гомотрансплаптат. Реакция носит ишемический характер. Воспаление и сосудистая недостаточность сопровождаются гиперплазией регионарных лимфатических узлов. Обычно вслед за операцией наступает латентный период в 8—10 дней, необходимый для выработки антител. В этом периоде еще нет признаков угрожающего отторжения, гомотрансплаптат выглядит, как аутотрансплантат, и хорошо васкуляризован.
Время переживаемости зависит и от интенсивности реакции хозяина. На тяжесть гомотрапсплаптационной болезни влияет и доза антигена (чем меньше гомотрансплаптат, тем дольше он живет), а также степень генетического соответствия между донором и реципиентом. «Первичная установочная» (first set) реакция — это первичное отторжение гомотрансплантата. Но если тому же реципиенту произвести вторичную пересадку ткани того же донора, реакция будет более интенсивной как по тяжести, так и по скорости возникновения.