Группе ученых из Северокаролинского университета в Чапел-Хилле и Национального института раковых заболеваний во Фредерике (оба — США) удалось полностью расшифровать вторичную структуру генома ВИЧ-1 — наиболее распространенной формы вируса иммунодефицита человека.

Для хранения генетической информации ВИЧ, как и многие другие вирусы, использует однонитевые РНК, причем в кодировании данных участвуют как нуклеотидная последовательность (на каждой из двух содержащихся внутри капсида нитей РНК располагается около 10 тысяч нуклеотидов), так и элементы вторичной структуры (петли, стебли «шпильки»), формируемой с помощью водородных связей. Ранее ученые анализировали лишь небольшие участки генома, не получая данных об общей структуре.

Авторы рассматриваемой работы применили оригинальную технологию исследования РНК, получившую название SHAPE (high-throughput selective 2»-hydroxyl acylation analysed by primer extension, высокопроизводительное выборочное ацилирование, анализируемое методом удлинения праймера). В основу методики положен тот факт, что способность нуклеотидов исследуемой молекулы взаимодействовать с определенными химическими веществами зависит от того, участвует ли данный нуклеотид в образовании элементов вторичной структуры.

Построив на базе собранных данных модель генома вируса, авторы выявили сложную структуру тех участков РНК, которые кодируют протеины. По мнению ученых, обнаруженные структурные элементы должны каким-то образом воздействовать на процессы трансляции и сворачивания белков.

«Наконец-то мы начинаем понимать, какие «уловки» помогают вирусу преодолевать защитные системы организма человека», — заключает один из участников исследования Кевин Уикс (Kevin Weeks), передает Science.compulenta.

Напомним, молекулярный выключатель ВИЧ был найден в 2007 году. Леор Вейнбергер и Томас Шенк из университета Принстона выяснили, что вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), заразивший клетки иммунной системы, можно заставить перейти в «спящий» режим.

Ученые разобрались в цепочках биохимических реакций, влияющих на молекулярные сигналы, заставляющие ВИЧ приступить к копированию самого себя. Они обнаружили. что баланс между синтезом двух белков (p300 и SirT1) в зараженной клетке может оказаться тем переключателем, который будет определять размножение вируса или нахождение его в «спящем» режиме.

Авторы работы утверждали, что, теперь возможно создать препарат, который будет держать обнаруженный ими переключатель в положении «выключено» и ВИЧ останется в организме пассивным.

До сих пор лекарство от чумы XX века не найдено. В РФ общее число ВИЧ-инфицированных россиян, регистрация которых ведется в 1987 года, составила 467 тыс. 16 человек.

Как ранее сообщалось, в настоящее время в разработке находятся не менее 30 различных вариантов вакцин для лечения и профилактики ВИЧ-инфекции. Последней фазы клинических испытаний достиг единственный препарат – комбинация вакцин для профилактики ВИЧ-инфекции, разработанных компаниями Sanofi Pasteur и VaxGen. Исследование, к которому привлечено более 16 тыс. добровольцев, проходит в Таиланде.

Источник