Вишня протипоказана людям, що страждають на виразкові хвороби шлунка, дванадцятипалої кишки і гастрити. При колітах застосовують тільки сік вишні.

Необхідно знати про небезпеку ядер, що містяться у вишневих кісточках. До їхнього складу входить гіркий глікозид амігдалін, але небезпеку для здоров`я несе фермент під впливом якого амігдалін розщеплюється на глюкозу, бензальдегід і синильну кислоту. Ця кислота становить серйозну небезпеку для організму, особливо дитячого. При споживанні компотів, варення із вишні з кісточкою отруєнь не спостерігається, оскільки при високій температурі (70-80 ° С) амігдалаза втрачає свою ферментативну активність, амігдалін не розщеплюється на складові частини і отрути не утворюється. А от при вживанні настоянок та наливок, якщо їх готують з вишні з кісточками, реальна небезпека отруєння синильною кислотою існує. Компоти з цілих вишень, оскільки їх зазвичай кип`ятять або довгостроково прогрівають у банках перед закочування, не небезпечні. Враховуючи, що в останні роки стали популярні домашні компоти, приготовані без тривалого нагрівання, вживання їх після тривалого зберігання небезпечне для життя.

Найкраще вживати вишню в свіжому вигляді, але багато корисні речовини зберігаються і в швидкозаморожених ягодах. Сік вишні з цукром можна розводити звичайною або мінеральною водою або комбінувати з іншими ягідними або овочевими соками. З ягід вишні виходять смачне варення, компоти, сиропи, киселі, настоянки, екстракти, морси, наливки, фруктова вода.